1998 América (8vos de Final) y Guadalajara (1ra. Ronda)

1999 Monterrey (1ra. Ronda) y Necaxa (Pre-Libertadores)

2000 América (Semifinales) y Atlas (4tos de Final)

2001 Cruz Azul (Final, Subcampeón) y Atlante (Pre-Libertadores)

2002 América (Semifinales) y Morelia (4tos de Final)

2003 UNAM (8vos de Final) y Cruz Azul (4tos de Final)

2004 América (8vos Final) y Santos (8vos de Final)

2005 Guadalajara (Semifinal) y Pachuca (8vos de Final)

2006 Guadalajara (Semifinal), Tigres (8vos de Final) y UNAM (1ra Ronda)

2007 Toluca (8vos de Final), Necaxa (8vos de Final) y América (4tos. de Final)

2008 América (Semifinal), Atlas (4tos. de Final) y Guadalajara (1ra Ronda)

2009 San Luis (8vos. de Final*), Guadalajara (8vos de Final*) y Pachuca (1ra Ronda)

2010 Morelia (1ra. Ronda), Estudiantes (Preliminar), Monterrey (1ra. Ronda), San Luis (8vos. de Final) y Guadalajara (Final, Subcampeón)

2011 América (?), San Luis (?) y Jaguares (?)

*Fueron eliminados por la contingencia de la Gripe AH1N1 en México. Se les respetó su lugar en la siguiente edición.

** De los equipos actuales en la Primera División de México, únicamente Puebla y Querétaro no han participado en al menos una fase Preliminar o Pre-Libertadores.